Oui, la contrainte que chaque zone prenne toute la largeur de la page est très limitante, à mon avis. Difficile d'organiser notre page de façon optimale, lorsqu'on veut synthétiser de l'information de natures différentes.
Il y a beaucoup d'outils pour la prise de notes. Je crois que le plus important est de prendre le temps d'en choisir un qui semble répondre le plus à nos besoins, puis de s'y limiter pour une bonne période de temps, même s'il n'est pas parfait (si les contraintes ne sont pas trop grandes, évidemment) ; bien connaître un logiciel peut, selon moi, compenser en terme d'efficacité certaines fonctionnalités qu'il n'a pas.
Mais parfois on peut changer de logiciel et y réinvestir les apprentissages faits sur le/les logiciels précédents. Par exemple,
avez-vous jeté un coup d'oeil à Pages de Apple, qui est disponible sur iPadOS et OS X ? La gestion des outils (crayons, efface, lasso, ) sur le iPad me semble très proche de ce qu'il y a dans Notes, mais avec le gros avantage que vous pouvez définir des zones de texte/image/vidéo n'importe où sur la page (au contraire de Notes où chaque zone prend toute la largeur de la page et il me semble qu'on ne peux pas mettre de vidéo).
Si je ne connaissais pas Goodnotes, j'utiliserais probablement Pages. Le gros «+» de Goodnotes est l'annotation de pdf et sa gestion de l'écriture manuscrite.