Moi, j'ai orgnaisé mon dossier Applications en plusieurs sous-dossiers (Image, Vidéo, Bureautique, Réseau, Utilitaires...).
Quand je fais une MàJ du Système, il me crée un dossier du nom de l'application qu'il aurait du modifier, avec à l'intérieur le dossier content...
En fait, je suis obligé de modifier manuellement chaque progiciel.
Donc j'ai fait d'abord toutes les Mises à Jour, puis j'ai réorganisé.
Rien ne l'empêche de faire de même, créer le lien symblique une fois les mises-à-jour effectuées.