iPhoto/Préférences/Avancé, et décocher «Copier les éléments dans la photothèque iPhoto».
Il n'y a que toi qui sait s'il peut être viable dans le temps de gérer les photos toi-même. Chacun a ses préférences, ses habitudes.
Perso je laisse iPhoto tout gérer, je crée mes albums tranquille, en plus des classements automatiques; bien plus clair que des dossiers dans le Finder, à mon sens.