La cohabitation de fichiers PC et Mac ne pose pas trop de problème.
Il faut éviter d'utiliser des caractères exotiques dans le nom des fichiers, qui pourraient être mal interprétés par l'un ou l'autre des OS (caractères spéciaux, voyelles accentuées, caractères interdits de Windows, etc...).
En revanche, il y a des limitations inhérentes à ce type de média si tu utilises une ancienne version de Mac OS (jusqu'à la version 9) ou certaines particularités de Windows. En effet, sur ces systèmes, il est possible, en plus des données "normales" d'un fichier, de stocker en parallèle des données cachées.
Sous Windows XP (NTFS), on parle de "data stream" (flux). Sous Mac OS 9 (HFS), on parle de "fork" (fourchette).
Ces données supplémentaires cachées sont perdues quand le fichier qui les contient est enregistré sur une clé USB, une disquette ou un disque FAT.