Pour ton programme sous OS9: tu utilises Classic ? Si oui, il n'y a pas de problème d'autorisations, puisque Classic est soumis aux politiques de OS X. En revanche, si tu as le système OS 9 entier, que tu boot dessus, et que tu modifies de fichiers de la partition OS X depuis OS 9, alors en effet les permissions peuvent être altérées et il sera nécessaire de les réparer.
Pour QuickTime: un point d'interrogation dans le dock ? As-tu essayé de lancer QT directement en double cliquant dessus dans le dossier Applications ? Si là non plus ça ne fonctionne pas, tu as en effet un problème d'autorisations, mais il est peu probable que l'utilitaire disque le règle. Pour cela, il sera plus efficace de faire un pomme+i dessus, et de choisir les permissions manuellement.