Mais ça reste juste une manière d'organiser des bits, ça ne change en soit rien aux informations. C'est comme si tu avais des placards larges mais bas ou des placards étroits mais hauts, tu y mets la même chose, rangé différemment…
Et le seul souci se situerait lors d'un transcodage d'un format vers l'autre, voire même uniquement du format WAV (little endian) vers AIFF (big endian).
De toute façon, si j'ai bien lu, aujourd'hui OS X utilise le format AIFF-C qui est, lui, little endian comme le WAV, donc il y a encore moins de problèmes de transcodage.
Reste le fait que le WAV et l'AIFF-C permettent de contenir des formats compressés, éventuellement destructifs, et pas seulement du PCM ou LPCM, donc peut éventuellement tomber sur des fichiers de moins bonne qualité. Mais tant qu'il s'agit de notre travail et qu'on n'utilise pas de compression dans nos AIFF ou WAV, ça ne devrait faire la moindre différence.
Reste qu'effectivement, passer d'un format à l'autre ne présente a priori pas d'intérêt particulier.